5-甲氧基尿嘧啶可以由5-（甲?；?2-硫代-2,3-二氫-4（1H）-嘧啶酮和氯乙酸合成得到，它可制備5-甲氧基尿嘧啶 2'，3'，5'-三-O-苯甲酸鹽等等。

5-甲氧基尿嘧啶，中文名稱為2，4-二羥基-5-甲氧基嘧啶，是2，4-二羥基-5-甲氧基嘧啶的穩(wěn)定的酮式，它是合成嘧啶核糖核酸和嘧啶脫氧核糖核酸的重要中間體，在催化劑的作用下，它能與核呋喃糖等物質(zhì)反應(yīng)，合成核酸；在二核甘酸中，它能與胞核嘧啶進(jìn)行環(huán)加成，形成一種環(huán)丁二聚物，此外，它還用來(lái)制備多種尿嘧啶類的藥物及中間體。