眾所周知,藥物篩選是發(fā)現(xiàn)藥物先導(dǎo)化合物的重要途徑,而好的分子庫(kù)則是藥物篩選的必備武器。什么是分子庫(kù)呢?分子庫(kù)是由特定結(jié)構(gòu)或功能的實(shí)體化合物及其相關(guān)信息在某種特定的標(biāo)準(zhǔn)下組成的集合,通常作為新藥發(fā)現(xiàn)或者細(xì)胞誘導(dǎo)的工具來(lái)使用,幫助科學(xué)家找到新藥研發(fā)的苗頭化合物或者細(xì)胞特定功能的實(shí)現(xiàn)者。
分子庫(kù)歸類的方法多種多樣,根據(jù)其性質(zhì)和來(lái)源,市面上的分子庫(kù)分為如下三大類:生物活性分子庫(kù),天然產(chǎn)物分子庫(kù)和類藥多樣性分子庫(kù)。下面就每一類進(jìn)行詳細(xì)介紹:
• 生物活性分子庫(kù):市面上普遍使用的生物活性分子庫(kù)涵蓋了4萬(wàn)種生物活性已知的小分子,其中有些是已上市或臨床期的藥物;有些是經(jīng)典的有明確靶點(diǎn)的活性小分子;有些是初步文獻(xiàn)報(bào)道表現(xiàn)出良好生物學(xué)活性的化合物。這些小分子可用于藥物功能重定位、細(xì)胞誘導(dǎo)、藥理研究、靶點(diǎn)確認(rèn)等,屬于每個(gè)藥物篩選平臺(tái)建立之初的基本配套產(chǎn)品。舉例來(lái)說(shuō),TargetMol的一套近兩千種的上市藥物庫(kù)就包含了市場(chǎng)上可以收集的各類疾病對(duì)應(yīng)的化學(xué)藥物,其生物活性多樣性和化學(xué)結(jié)構(gòu)多樣性都非常高,是一套性價(jià)比非常好的入門庫(kù)。同時(shí),該類庫(kù)中還有很多廣受好評(píng)的經(jīng)典分子庫(kù),如:FDA上市藥物庫(kù),臨床藥物庫(kù),抗腫瘤庫(kù),生物活性經(jīng)典庫(kù)和生物活性新穎庫(kù)等。
• 天然產(chǎn)物庫(kù):天然產(chǎn)物來(lái)源豐富,取自植物,動(dòng)物和微生物的細(xì)胞、組織或分泌物,種類繁多,結(jié)構(gòu)多樣,含有糖類、糖苷類、苯丙素類、醌類、黃酮類、萜類、類固醇類、生物堿類、酚類、酸類和醛類,是制藥行業(yè)獲得先導(dǎo)化合物的重要來(lái)源,常用作高通量篩選或計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)。
• 類藥多樣性分子庫(kù):目前世界上商品化的化合物有5000萬(wàn)個(gè),精選質(zhì)量可靠,類藥多樣性好的產(chǎn)品組成類藥多樣性分子庫(kù),是多達(dá)數(shù)百萬(wàn)個(gè)小分子化合物的集合,是科學(xué)研究、新的藥物靶點(diǎn)篩選的有效工具,是高通量篩選(HTS),高內(nèi)涵篩選(HCS)和計(jì)算機(jī)虛擬篩選的不二選擇。這些產(chǎn)品一次可以為高通量篩選的平臺(tái)提供1萬(wàn)到20萬(wàn)個(gè)性價(jià)比很高的類藥分子庫(kù),非常適合用于建設(shè)高通量篩選分子庫(kù)平臺(tái)。
除了高通量篩選的分子庫(kù)以外,還有基于CADD(Computer Aided Drug Design)得到的各種潛在藥物靶點(diǎn)庫(kù),如GPCR靶點(diǎn)庫(kù),CNS靶點(diǎn)庫(kù),抗菌庫(kù),抗炎庫(kù),抗HIV庫(kù)等。此外,一些特色分子庫(kù)以其自身的性質(zhì)特點(diǎn)為廣大藥物研發(fā)科學(xué)家提供了針對(duì)性很強(qiáng)的研究工具,包括片段庫(kù)、大環(huán)庫(kù)、靶向共價(jià)抑制劑庫(kù)等。比如近幾年很熱門的片段庫(kù),其合理使用可以大大提高藥物篩選的結(jié)構(gòu)覆蓋范圍,可用作基于片段篩選,科研人員可以根據(jù)其研究目標(biāo)和方法進(jìn)行單獨(dú)選擇,構(gòu)建適合的片段大小和組成;而大環(huán)庫(kù)則包含了通常定義為包含超過(guò)12個(gè)碳原子或其他重原子的環(huán)結(jié)構(gòu),與等分子量的無(wú)環(huán)分子相比,大環(huán)化降低了分子整體極性并增強(qiáng)了膜的滲透性,可用于篩選某些挑戰(zhàn)靶點(diǎn)的先導(dǎo)化合物;靶向共價(jià)抑制劑是合理設(shè)計(jì)的抑制劑,這類抑制劑具有低化學(xué)反應(yīng)性的成鍵官能團(tuán),其在與靶蛋白結(jié)合后,與靶位點(diǎn)上的特定親核殘基快速成鍵,因此具有較高的選擇性。
除了現(xiàn)有的分子庫(kù)之外,完美契合客戶需求的定制分子庫(kù)也廣受歡迎。你不僅可以選擇需要的產(chǎn)品形式如粉末、溶液;還可以選擇包裝瓶或96孔板,甚至可以從產(chǎn)品的性質(zhì)進(jìn)行選擇,如上市且具有抗腫瘤活性的藥物等。
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