免疫(共)沉淀(IP/CoIP)是基于抗體和蛋白的特異性親和作用，通過(guò)捕獲與蛋白或抗原特異性結(jié)合的抗體，進(jìn)而從復(fù)雜的樣品中捕獲及富集目標(biāo)蛋白，同時(shí)可以測(cè)定與之相互作用的蛋白或其它生物大分子。
 

CoIP原理圖

CoIP實(shí)驗(yàn)對(duì)照的設(shè)置方法
常見(jiàn)的主要有三種方式，第一種是實(shí)驗(yàn)組轉(zhuǎn)染誘餌蛋白和標(biāo)簽蛋白，對(duì)照組只轉(zhuǎn)染標(biāo)簽蛋白，這種方法不僅可以提高誘餌蛋白的表達(dá)量，增加實(shí)驗(yàn)的成功率，而且標(biāo)簽抗體的成本低，親和力強(qiáng)，但是畢竟不是本身生理狀態(tài)下的表達(dá)量，和實(shí)際結(jié)果可能有出入，而且需要構(gòu)建載體，更適用于誘餌蛋白表達(dá)量低或者沒(méi)有IP抗體的情況；第二種是選擇IP抗體的對(duì)照IgG抗體，這種方式下，誘餌蛋白的表達(dá)處于天然狀態(tài)，更接近真實(shí)情況，但是相應(yīng)的可能出現(xiàn)表達(dá)量低，成功率不高的情況，同時(shí)需要IP級(jí)別的抗體；第三種就是用敲除誘餌蛋白的細(xì)胞作對(duì)照樣本，這種情況下，實(shí)驗(yàn)組也是在天然條件下，可信度高，但是實(shí)驗(yàn)所需的周期較高，要進(jìn)行敲除驗(yàn)證。

CoIP試劑盒中樣本裂解液可以用WB的裂解液替代嗎？
不可以，CoIP的裂解液中一般不含SDS,SDS是一種強(qiáng)效的去垢劑，它能夠破壞蛋白質(zhì)之間的非共價(jià)相互作用，使蛋白質(zhì)變性，這會(huì)導(dǎo)致原本相互作用的蛋白質(zhì)復(fù)合體解離。

COIP樣本裂解后蛋白濃度一般能達(dá)到多少？
不低于1mg/ml,如果蛋白濃度過(guò)高，可用pbs稀釋。

瓊脂糖珠中Protein A和Protein G 有何區(qū)別，都要加嗎？
一般建議都加，Protein A與兔源抗體親和力高，Protein G與鼠源抗體親和力高。

抗體、樣本、磁珠的加入順序比較？
第一種抗體先于蛋白結(jié)合，再加入磁珠，第二種抗體先與磁珠孵育，最后加入蛋白，第三種同時(shí)加入，一般情況下第一種與第二種相差不大，如果蛋白量過(guò)高，比如大于1000ug，建議使用第二種，否則蛋白容易吸附在磁珠上，降低得率。

Input組要跑內(nèi)參嗎？
當(dāng)然，Input組跑內(nèi)參不僅可以協(xié)助判斷操作，對(duì)樣本是否降解也有提示作用

IP/CoIP結(jié)果判讀及常見(jiàn)問(wèn)題
1、CoIP結(jié)果如何判讀？
 

IB：即免疫印跡，也就是常規(guī)的Western Blotting，用于顯示目的蛋白。
IP：即免疫沉淀，這一步主要是為了純化富集目的蛋白。
Input：全細(xì)胞裂解液，含有細(xì)胞內(nèi)所有的蛋白，可認(rèn)為是陽(yáng)性組。也就是處理完樣本得到的細(xì)胞裂解液，在做IP實(shí)驗(yàn)之前，需要先跑WB，確認(rèn)樣本中含有蛋白A和蛋白B。
Anti-A：A蛋白的免疫共沉淀抗體
IgG：Anti-A的同型對(duì)照抗體，即跟Anti-A同來(lái)源同種型，如Anti-A是兔來(lái)源IgG型，則同型對(duì)照抗體需要選擇Rabbit IgG（abs20035）

結(jié)果圖解析：
該結(jié)果是為驗(yàn)證蛋白A與蛋白B是否存在相互作用。本實(shí)驗(yàn)一共分為兩大組：Input組及IP組，其中IP組又分為IgG組（陰性對(duì)照組）和實(shí)驗(yàn)組，并通過(guò)WB去驗(yàn)證蛋白A和B在每一個(gè)組里面是否存在。由Input組的條帶可以得到結(jié)論：蛋白A與蛋白B都是存在的，證明樣本處理提取蛋白的步驟沒(méi)有任何問(wèn)題。陰性對(duì)照IgG組和實(shí)驗(yàn)組平行進(jìn)行免疫沉淀實(shí)驗(yàn)，結(jié)果蛋白A與蛋白B均沒(méi)有條帶，說(shuō)明利用IgG抗體沒(méi)有把蛋白A和B沉淀下來(lái)，證明蛋白A和B與IgG沒(méi)有結(jié)合，排除了蛋白與抗體非特異性結(jié)合的可能性；而實(shí)驗(yàn)組蛋白A和B均有條帶，表示利用蛋白A的抗體進(jìn)行沉淀實(shí)驗(yàn)，成功把蛋白A沉淀下來(lái)了，與此同時(shí)蛋白B也被沉淀下來(lái)，進(jìn)而得到結(jié)論：蛋白A與蛋白B之間存在相互作用。

2、input組無(wú)條帶，IP組有條帶
 

可能由于目標(biāo)蛋白在樣本中的豐度較低或存在降解現(xiàn)象，這導(dǎo)致在Input組中未能成功檢測(cè)到該蛋白，而在IP組經(jīng)過(guò)富集后能夠檢測(cè)到。建議適當(dāng)提高Input組的上樣量，進(jìn)行常規(guī)的WB驗(yàn)證，并在樣本處理階段添加蛋白酶抑制劑以穩(wěn)定蛋白質(zhì)。

3、雜帶問(wèn)題
非特異性條帶要分情況分析，如果是input和IP組、IgG組都有雜帶，可能是磁珠的非特異性結(jié)合，樣本上樣量過(guò)高、或者抗體濃度過(guò)高造成的非特異性結(jié)合，建議實(shí)驗(yàn)前對(duì)磁珠進(jìn)行漂洗，實(shí)驗(yàn)過(guò)程中增加洗滌次數(shù)，使用合適的樣品和抗體濃度。如果IgG組和IP組無(wú)雜帶，
Input有雜帶，可能由于WB抗體的特異性不夠好，實(shí)際實(shí)驗(yàn)中可能考慮的因素可能要更多。
 

4、IP和IgG組均無(wú)條帶
可能由于IP抗體加入的量少，ip抗體特異性差，或者蛋白量過(guò)高，優(yōu)先覆蓋住beads，導(dǎo)致IP抗體和Beads的集合較少等，可以優(yōu)先通過(guò)增加抗體用量和優(yōu)化結(jié)合順序入手，實(shí)在沒(méi)有改善只能更換抗體進(jìn)行嘗試。
 

5、輕重鏈問(wèn)題
 

在變性洗脫過(guò)程中，抗體在高溫和還原劑的影響下分解為重鏈55KD和輕鏈分子25KD，當(dāng)WB所用的抗體和IP抗體同源時(shí)，二抗就會(huì)識(shí)別到IP抗體的輕重鏈，這是比較常見(jiàn)的一個(gè)問(wèn)題，在抗體選擇時(shí)，盡量IP抗體和WB抗體來(lái)自不同種屬，當(dāng)然，即便已經(jīng)做了這種優(yōu)化，實(shí)驗(yàn)結(jié)果往往還是有輕重鏈，可能是由于二抗的特異性不夠等原因，這種情況下可以采用IP專用的二抗，這種抗體只識(shí)別輕鏈或者重鏈，如果目的蛋白在輕鏈附近，選擇只識(shí)別重鏈的抗體，或者對(duì)于WB實(shí)驗(yàn)，建議使用直標(biāo)一抗，但需注意直標(biāo)一抗可能因無(wú)二抗信號(hào)放大作用，而導(dǎo)致信號(hào)較弱或無(wú)法曝光的情況。
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