蛋白酶K是一種從白色念珠菌分離出來的強力蛋白溶解酶，具有很高的比活性，是DNA提取的關(guān)鍵試劑。該酶在較廣的pH范圍（4?12.5)內(nèi)及高溫 (50?70°C)均有活性，用于質(zhì)?；蚧蚪M DNA、RNA的分離。

蛋白酶K能消化天然的角蛋白（Kerati），而得名蛋白酶K。其主要的切割位點是脂肪族氨基酸和芳香族氨基酸的羧基端肽鍵。由于其廣泛地的切割能力，在實驗室中很常用。此蛋白酶屬于絲氨酸蛋白酶SB超家族中的S8家族（枯草桿菌蛋白酶也屬于這個超家族）。蛋白酶K的分子量為28.9千道爾頓。

蛋白酶K的酶活力，>30U/mg。在37℃，以血紅蛋白為底物，1分鐘內(nèi)可以產(chǎn)生相當(dāng)于1微摩爾酪氨酸Folin陽性的氨基酸或多肽的蛋白酶K的量，定義為一個單位蛋白酶K酶活力。 在很寬的pH范圍內(nèi)有效，有效的pH范圍為pH4.0-12.5，最佳pH范圍為pH7.5-8.0。 蛋白酶K的最佳反應(yīng)溫度為65℃，但在65℃或更高的溫度蛋白酶K自身的也非常迅速地降解。很多時候反應(yīng)溫度選擇50 -55℃。

蛋白酶K時常應(yīng)用于分子生物學(xué)領(lǐng)域。在制備核酸時，蛋白酶K可以將雜蛋白去除，并迅速使核酸酶失活，避免其降解目標(biāo)產(chǎn)物DNA和RNA。另外，蛋白酶K還有其他優(yōu)點，它在變性劑存在下仍能保有活性，如SDS、尿素、EDTA等等，這點與其他蛋白酶（如胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶）相當(dāng)不同。

蛋白酶K由于能夠消化角蛋白（kratin）因此被命名為蛋白酶K。蛋白酶K家族包含了各種由真菌、酵母及革蘭氏陰性細(xì)菌分泌的細(xì)胞內(nèi)肽酶，其中細(xì)菌分泌的酶有高度的序列相似性（>55%）。林伯氏白色念球菌（Tritirachiumalbum Limber）分泌產(chǎn)生蛋白酶K是該家族的模式蛋白。蛋白酶K對大多數(shù)底物均有切割活性，但是偏好于帶有脂肪族及芳香烴的肽鏈。其屬于絲氨酸蛋白酶，擁有典型的絲氨酸活性位點：Asp39–His69–Ser224 。其含有一個單練肽鏈包含277氨基酸位點，并擁有2個二硫鍵和一個空置的半胱氨酸位點以及兩個鈣離子結(jié)合位點。
蛋白酶K的應(yīng)用主要為核酸提取時去除DNA酶和RNA酶，并且可將結(jié)合于基因組上的組蛋白去除，還可用于堿性磷酸酶的失活。目前分子生物學(xué)技術(shù)已應(yīng)用于許多檢測標(biāo)準(zhǔn)中，例如轉(zhuǎn)基因檢測、動物屬性檢測、致病微生物檢測等。在分子生物學(xué)檢測中核酸的提取質(zhì)量直接影響了后續(xù)PCR反應(yīng)的擴增效率。許多標(biāo)準(zhǔn)在核酸提取步驟中都設(shè)立了添加蛋白酶K消化的步驟，以期提取較純的核酸。為了保護核酸，分子生物學(xué)核酸提取實驗中通常含有EDTA等試劑，由于EDTA可以與金屬離子絡(luò)合，因此可能會導(dǎo)致酶活性受到影響；并且通常為pH8.0時和55℃條件下進(jìn)行消化，不同pH值和溫度條件會使得酶活性受到影響。