Cy5.5 (Cyanine 5.5) 是一種發(fā)近紅外（NIR）熒光的花青素熒光染料。它的消光系數(shù)高，熒光也很亮，并且對pH不敏感，并且由于它的熒光波長（Em：~700nm）恰好處于肌體組織近紅外窗口 I 的區(qū)域（肌體的血液，體液和組織此區(qū)域背景熒光弱，而長波長穿透性強），所以Cy5.5常應用于小動物活體體內(nèi)成像中。 Cy5.5可以用來標記蛋白，抗體，多肽，納米粒等，它最常見的使用是標記核酸分子（DNA和RNA）。

NHS活化酯（N-羥基琥珀酰亞胺酯，N-hydroxysuccinimide ester（NHS），succinimidyl ester（SE））是生物標記反應中最常用的活化基團。它活化Cy5.5分子中的羧基，讓它可以和目標生物分子上的胺基（主要伯胺）反應生成穩(wěn)定的酰胺鍵，從而把Cy5.5分子標記到生物大分子上。由于游離胺基是蛋白，抗體，多肽表面的常見官能團（來自于賴胺酸側(cè)鏈），Cy5.5-NHS可以和它們直接反應。核酸分子中天然不帶游離胺基，只有胺基修飾過的RNA或者DNA才可以和Cy5-NHS反應。

Cy5.5-NHS活化酯的水溶性較低，所以在水相的標記反應體系內(nèi)需要使用有機共溶劑，常用有機溶劑包括DMF，DMSO和乙腈等。如需標記的分子對有機溶劑敏感，可選擇磺化花青素（sulfonated cyanine），即sulfo-Cy5.5-NHS活化酯。兩者的光譜性質(zhì)幾乎一致，因此大部分應用可相互替換。兩者的主要區(qū)別在于：磺化染料是水溶性的，在水相的標記反應體系內(nèi)不需要使用有機共溶劑，并且降低染料在水中聚集的可能性，增強標記效率。