變性劑（脲和鹽酸胍）可使蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中的氫鍵發(fā)生斷裂，這增加了非極性分子包括氨基酸側(cè)鏈的溶解度，減少了疏水相互作用；脲還可以深入到蛋白質(zhì)分子的內(nèi)部影響蛋白質(zhì)分子的密堆積。此外，去污劑、有機溶劑、重金屬、熱、機械力、冷凍、超聲、高壓、輻射等均可引起蛋白質(zhì)的變性。這些變性均不會破壞蛋白質(zhì)的共價鍵而是只涉及到氫鍵、鹽鍵、疏水相互作用、范得華相互作用等次級鍵的破壞。有些變性的蛋白質(zhì)當變性因素被除去后又可自動地恢復到天然狀態(tài)，這種現(xiàn)象稱為蛋白質(zhì)的復性(renaturation)，這種復性即蛋白質(zhì)折疊研究中的重折疊(refolding)。包涵體蛋白質(zhì)提純大多數(shù)在pH8的條件下，一般用強的變性劑如尿素（6-8mol/L）、鹽酸胍（GdnHCl5~8mol/L或6mol/L），通過離子間的相互作用，打斷包涵體蛋白質(zhì)分子內(nèi)和分子間的各種化學鍵，使多肽伸展，一般來講，鹽酸胍優(yōu)于尿素，因為鹽酸胍是較尿素強的變性劑，它能使尿素不能溶解的包涵體溶解，而且尿素分解的異氰酸鹽能導致多肽鏈的自由氨基甲?；貏e是在堿性pH值下長期保溫時。或用去垢劑，如SDS、正十六烷基三甲基銨氯化物、Sarkosyl等，可以破壞蛋白內(nèi)的疏水鍵，也可溶解一些包涵體蛋白質(zhì)。用TritonX-100來溶解Zymononasmobilislevansucrase包涵體蛋白。另外，對于含有半胱氨酸的蛋白質(zhì)，分離的包涵體中通常含有一些鏈間形成的二硫鍵和鏈內(nèi)的非活性二硫鍵。還有有機溶劑、堿性環(huán)境（大于9）或酸（70%甲酸）也可使之溶解。