酶免疫試驗之所以能成為臨床免疫檢驗中的主導(dǎo)技術(shù)，是與它的方法上的特異性和靈敏性、操作上的簡便性以及試劑的穩(wěn)定性分不開的，還有很重要的一點是，其對環(huán)境沒有污染威脅。
盡管如此，作為一項免疫檢驗技術(shù)，酶免疫試驗還是有其局限性的，不但所檢測的生物學(xué)體液樣本如血清中有可能存在各種干擾實驗的因素，而且在實驗過程中，影響結(jié)果的因素也很多，尤其是進(jìn)行手工的ELISA測定時。
此外，在定性ELISA測定中，陽性判定值（CUT-OFF）的建立，是在一定的統(tǒng)計學(xué)基礎(chǔ)上的，相對于某個具體的受檢者來說，其有可能并不具備正確性。例如，使用ELISA方法檢測抗HCV及抗HIV或HBsAg，有時候，檢測所得的陽性結(jié)也許并不是真正的陽性，而需要使用其他方法如重組免疫印跡（recombinantimmunoblotas—say，RIBA）、蛋白印跡（Westernbl。t，WB）或中和試驗來確認(rèn)，才能報告陽性。這里抗HCV和抗HIV的檢測均使用病毒部分的基因工程抗原，其他一些病毒如流感病毒、腮腺炎病毒和水痘病毒等感染人體后，亦或一些自身抗體，也有可能會導(dǎo)致假陽性反應(yīng)。
HBsAg的測定主要是弱陽性的問題，這與ELISA測定的“灰區(qū)”有關(guān)系，處于cut-off值周圍亦即“灰區(qū)”的結(jié)果的可靠性通常較差，陽性當(dāng)然需要確認(rèn)，陰性卻也未必是真，這一點在血站篩檢獻(xiàn)血員血液時是非常重要的，必須引起注意，并采取適當(dāng)?shù)拇胧?，防止此類?yán)重影響人們健康的傳染性疾病經(jīng)輸血傳播，本書后面的有關(guān)章還會對此問題做詳細(xì)論述。此外，免疫測定的基礎(chǔ)是抗原抗體的特異反應(yīng)，因此，如檢測抗原，除了要求抗體（單抗或多抗）是特異的外，還要求待測抗原上必須存在有能與所用抗體結(jié)合的抗原決定簇，如果因為基因突變導(dǎo)致某些位點的不表達(dá)，或者結(jié)合位點因為某些原因被封閉或阻斷，都會影響抗體與抗原的結(jié)合，造成假陰性結(jié)果。
如檢測抗體，則要求所用包被抗原應(yīng)盡可能包含所有的特異抗原決定簇，同時又盡可能不含有非特異的成分，這一點往往由于技術(shù)水平的限制而難以完全做到，因此，從某種意義上來說，假陽性假陰性是不能完全避免的，盡管通過努力，可以將其降至很低的程度。這也是建立臨床免疫檢驗方法所努力的方向。