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雙鏈DNA(dsDNA)定量試劑

2020/4/1 8:56:01

背景[1-7]

雙鏈DNA(dsDNA)定量試劑能特定檢測(cè)雙鏈DNA,是一種簡(jiǎn)單精確的定量方法。即使是樣品中有RNA同時(shí)存在,該方法對(duì)雙鏈DNA仍有極高的選擇度,對(duì)比傳統(tǒng)的DNA定量檢測(cè)也具有穩(wěn)定性高、線性范圍寬和靈敏度高等優(yōu)勢(shì)。試劑盒包含濃縮的定量檢測(cè)試劑、稀釋緩沖液以及已稀釋好的雙鏈DNA標(biāo)準(zhǔn)品。您只需用試劑盒提供的緩沖液稀釋定量檢測(cè)試劑,加入待檢測(cè)樣品(體積1µl-50µl皆可),就可以通過(guò)熒光酶標(biāo)儀或熒光儀讀取熒光讀數(shù)。

這項(xiàng)檢測(cè)方法對(duì)常見(jiàn)的污染物如蛋白質(zhì)、鹽類、溶劑、去污劑或游離核苷酸都有很好的耐受性,也適用于在微孔反應(yīng)板、離心管或比色皿中進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。雙鏈DNA(dsDNA)定量試劑內(nèi)含有Picogreen。

Picogreen是一種極為靈敏的熒光核酸染料,常用于雙鏈DNA的定量檢測(cè)。歷來(lái)DNA濃度的測(cè)定在cDNA文庫(kù)的構(gòu)建,DNA亞克隆、PCR產(chǎn)物的估測(cè)等領(lǐng)域中具有重要意義。疫苗等生物制品中殘留微量DNA的檢測(cè)更是直接關(guān)系到人類的健康。

常用的檢測(cè)核酸的方法有:1)紫外吸光法(A260),該法操作簡(jiǎn)便,但DNA樣品中核苷酸、單鏈DNA、RNA和蛋白質(zhì)對(duì)紫外吸收信號(hào)影響很大,還容易受到核酸樣品中污染物的干擾,不能區(qū)分DNA和RNA,而且靈敏度低(ΔA260=0.1相當(dāng)于5ug/ml的dsDNA);2)探針雜交法,該法是傳統(tǒng)檢測(cè)微量DNA的常用方法,基本能滿足目前疫苗和治療性生物制品的檢測(cè)需求,但是該法耗時(shí)較長(zhǎng),操作繁瑣,穩(wěn)定性、敏感性和特異性較差;3)Hoechst33258染料法,Hoechst33258是一種一定程度上特異于雙鏈DNA的核酸染料,基本不受蛋白質(zhì)的干擾,可以檢測(cè)低至10ng/ml的DNA;在檢測(cè)穩(wěn)定性和靈敏度上仍達(dá)不到理想效果。

Picogreen dsDNA定量法:Picogreen僅在與DNA雙鏈結(jié)合后才發(fā)出熒光,且所產(chǎn)生的熒光與DNA濃度呈正比,在存在ssDNA、RNA和單體核苷酸的條件下,可以選擇性地檢測(cè)低至25pg/ml的dsDNA。該分析在三個(gè)數(shù)量級(jí)范圍內(nèi)呈線性,且?guī)缀鯚o(wú)序列依賴性,可以精確地測(cè)量多個(gè)來(lái)源的DNA,包括基因組DNA、病毒DNA、小量提取DNA或PCR擴(kuò)增產(chǎn)物。

相比傳統(tǒng)的方法,Picogreen dsDNA Quantitation Reagent定量具有以下優(yōu)勢(shì):①靈敏度高:數(shù)量級(jí)較UV吸光讀數(shù)更敏感,可節(jié)省寶貴的樣品;②特異性強(qiáng):在等摩爾的RNA存在的條件下,對(duì)dsDNA具有特異性;③耐受性好:耐受較高濃度的鹽、尿素、乙醇、氯仿、去垢劑、蛋白或瓊脂糖,可以直接定量PCR擴(kuò)增產(chǎn)物而無(wú)需從反應(yīng)混合物中純化DNA。④易于使用——只需在樣品中加入染料,等待5分鐘,然后讀數(shù)即可,且適用于96和384孔板;與大多數(shù)基于熒光的酶標(biāo)儀和熒光計(jì)兼容。⑤適用范圍廣:可適用于PCR的分析、芯片樣品、DNA損傷分析、酶活性分析、基因組DNA定量以及復(fù)雜混合物中dsDNA的檢測(cè)和病毒DNA定量等多種領(lǐng)域。

應(yīng)用[7][8]

雙鏈DNA(dsDNA)定量試劑可用于快速檢測(cè)雙鏈DNA(dsDNA)的含量:

利用熒光染料PicoGreen能夠嵌入適配體與互補(bǔ)序列形成的dsDNA,從而引起熒光強(qiáng)度改變的特性開(kāi)發(fā)了一種簡(jiǎn)單的通用型非標(biāo)記熒光法,可高靈敏度高特異性的檢測(cè)無(wú)機(jī)離子、蛋白質(zhì)及小分子。核酸適配體是通過(guò)指數(shù)富集配體系統(tǒng)進(jìn)化技術(shù)(SELEX)篩選得到的一段具有識(shí)別作用的單鏈寡核苷酸片段,可為ssDNA和RNA。核酸適配體能夠通過(guò)折疊形成特定的二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)與靶標(biāo)高親和力(μmol/L-pmol/L)高特異性結(jié)合。

利用適配體技術(shù)開(kāi)發(fā)的檢測(cè)方法包括比色法、熒光法、電化學(xué)法等多種方法。其中熒光法具有簡(jiǎn)單、快速、易于自動(dòng)化的特點(diǎn),其有效性已被廣泛證實(shí)。目前已經(jīng)利用適配體開(kāi)發(fā)了眾多的熒光檢測(cè)方法,但是大部分的熒光法需要對(duì)適配體進(jìn)行修飾,這些操作費(fèi)時(shí)并且分析成本較高,甚至有可能因?yàn)檫m配體上修飾了熒光基團(tuán)或者淬滅基團(tuán)而影響適配體與靶標(biāo)結(jié)合的特性,從而降低檢測(cè)的靈敏度。

參考文獻(xiàn)

[1]A universal and label-free aptasensor for fluorescent detection of ATP and thrombin based on SYBR Green Idye[J].Ling Kong,Jin Xu,Yunying Xu,Yun Xiang,Ruo Yuan,Yaqin Chai.Biosensors and Bioelectronics.2013

[2]Development of a very sensitive electrochemical magneto immunosensor for the direct determination of ochratoxin A in red wine[J].Patricio RenéPerrotta,Fernando Javier Arévalo,Nelio Roberto Vettorazzi,María Alicia Zón,Héctor Fernández.Sensors&Actuators:B.Chemical.2011(1)

[3]A novel label-free fluorescent sensor for the detection of potassium ion based on DNAzyme[J].Xiaoyu Fan,Haitao Li,Jie Zhao,Fanbo Lin,Lingli Zhang,Youyu Zhang,Shouzhuo Yao.Talanta.2011

[4]Gold Nanoparticle-Based Fluorescence Resonance Energy Transfer Aptasensor for Ochratoxin A Detection[J].Nuo Duan,Shijia Wu,Xiaoyuan Ma,Xiujuan Chen,Yukun Huang,Zhouping Wang.Analytical Letters.2012(7)

[5]Aptamers as Therapeutics in Cardiovascular Diseases[J].P.Wang,Y.Yang,H.Hong,Y.Zhang,W.Cai,D.Fang.Current Medicinal Chemistry.2011(27)

[6]Aptamer-Based Fluorescent Biosensors[J].R.E.Wang,Y.Zhang,J.Cai,W.Cai,T.Gao.Current Medicinal Chemistry.2011(27)

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[8]Aptamer-DNAzyme hairpins for biosensing of Ochratoxin A[J].Cheng Yang,Vasilica Lates,Beatriz Prieto-Simón,Jean-Louis Marty,Xiurong Yang.Biosensors and Bioelectronics.2011(1)

[9]呂珍珍.基于核酸適配體的非標(biāo)記熒光檢測(cè)方法研究[D].四川農(nóng)業(yè)大學(xué),2014.

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