NA-Red (EB升級換代產(chǎn)品, 2000X)

信裕生物的NA-Red (Nucleic Acid Red，核酸紅)是一種EB (Ethidium bromide，溴化乙錠)的升級換代產(chǎn)品，用于凝膠中DNA、RNA等核酸的染色。NA-Red具有安全(致突變性極低且檢測不到顯著的細胞毒性)、靈敏度高、穩(wěn)定性好等優(yōu)點，凝膠中的核酸在使用本產(chǎn)品染色后用適當紫外燈(300nm左右波長)檢測呈現(xiàn)紅色熒光，適用于原先使用EB為染料的凝膠成像系統(tǒng)。
NA-Red比EB和SYBR Green更安全。NA-Red在遠高于其工作濃度范圍時均沒有細胞毒性及誘變性。艾姆斯氏試驗(Ames test)結(jié)果表明，NA-Red的誘變性遠小于EB。EB在多種致突變測試中呈現(xiàn)很強的誘變性，而NA-Red僅僅在濃度高達20微克/毫升時，并在S9代謝活化時有非常微弱的誘變性。通常NA-Red在凝膠中的工作濃度約為2微克/毫升，大大低于可導致誘變的濃度。NA-Red和信裕生物的另外一種安全型核酸染料NA-Green，由于它們特殊的化學結(jié)構(gòu)使其難以進入細胞，從而大大降低甚至避免了染料的致突變性和細胞毒性。而SYBR Green染料可以穿透細胞膜，進入活細胞并染色DNA，并且有報道SYBR Green可以強烈增強紫外線誘導的基因突變。
NA-Red檢測靈敏度高，對于小分子量核酸的染色效果好。NA-Red的檢測靈敏度比EB高8-10倍，在檢測低濃度、微量DNA或RNA方面比EB更佳，尤其對小分子量的DNA檢測非常靈敏。在使用浸泡染色法時，NA-Red和SYBR Gold的靈敏度相近甚至更高；與SYBR Gold不同的是，NA-Red預先配制在凝膠中也有很高的靈敏度。EB對于小分子量核酸的染色效果差，而NA-Red對于小分子量核酸的染色效果很好，便于觀察酶切或PCR獲得的小分子量核酸片段。推薦使用的NA-Red濃度，其檢測效果略優(yōu)于EB。如果希望獲得更高的染色靈敏度，可以適當提高NA-Red的工作濃度。
NA-Red的穩(wěn)定性好，染色重復性高。含SYBR Green的凝膠核酸染色的重復性比較差，這通常是由于SYBR系列染料的穩(wěn)定性差導致的。而NA-Red的穩(wěn)定性很好，可以室溫長時間保存及使用微波爐加熱。NA-Red的光穩(wěn)定性良好，可以在室內(nèi)正常光線下操作而無需避光。由于其熱穩(wěn)定性和光穩(wěn)定性，含NA-Red的凝膠在核酸染色時的重復性非常好。
NA-Red可以使用和EB相同的檢測體系。NA-Red和EB的激發(fā)光和發(fā)射光都非常接近，可以直接用NA-Red替換EB，而不必更換已有的凝膠觀察、拍照或成像系統(tǒng)(約300nm激發(fā))。NA-Red的激發(fā)光譜和發(fā)射光譜請參考圖1。

圖1. NA-Red的激發(fā)光譜和發(fā)射光譜

NA-Red的使用方法和EB一致。NA-Red可以按適當比例直接加入瓊脂糖中配制成凝膠，也可以在電泳完畢后對凝膠進行染色。前者更加方便，而后者靈敏度要更高一些。但由于NA-Red本身已經(jīng)非常靈敏，通常采用把NA-Red直接配制在凝膠中就可以了。對于一些特殊情況，如核酸樣品量特別少的情況等，則可以考慮電泳后再對凝膠進行染色。
NA-Red對于核酸的遷移率影響非常小，小于SYBR Green對于核酸遷移率的影響。
通過凝膠回收試劑盒(如信裕生物或Qiagen的凝膠回收試劑盒)或酚氯仿抽提，可以有效去除與DNA或RNA結(jié)合的NA-Red，從而確保不會影響后續(xù)的連接、酶切、PCR、測序等常規(guī)的分子生物學用途。
包裝清單：

保存條件：
室溫避光保存，至少一年有效。
注意事項：
為確保使用的不是假冒的NA-Red，可以用細胞培養(yǎng)液把NA-Red稀釋至1X，然后對培養(yǎng)的活細胞進行染色。隨后在熒光顯微鏡下嘗試用各種激發(fā)光觀察，如果發(fā)現(xiàn)活細胞細胞核出現(xiàn)明顯的熒光，則可以判定為假冒產(chǎn)品。如果各種激發(fā)光下活細胞均無熒光，則說明該核酸染料是不能進入活細胞的高度安全的染料。具有強致突變性的吖啶橙(Acridine Orange)染色核酸后呈現(xiàn)熒光，但其可以染色活細胞，而NA-Red不會染色活細胞。
NA-Red和EB一樣，作為熒光染料均需避光保存，但在使用過程中的常規(guī)室內(nèi)光照不會影響其使用效果。
制備好的NA-Red瓊脂糖凝膠，在4℃避光條件下通?？梢员４?-5天。
NA-Red瓊脂糖凝膠再次熔化使用時，為取得更好的觀察效果，需要添加適量NA-Red。 
電泳之后的凝膠不建議重復使用。
電泳后再使用NA-Red染色的凝膠一般不需要脫色。如果發(fā)現(xiàn)背景太高，可以使用不含核酸酶的水進行脫色處理。
NA-Red和NA-Green除了可以染色雙鏈DNA外，也可染色單鏈DNA和RNA。NA-Red對單鏈核酸的染色靈敏度約為對雙鏈DNA染色靈敏度的一半。NA-Red對單鏈核酸的染色靈敏度約為NA-Green的5倍。
如果使用聚凝膠，請使用浸泡染色法染膠，并延長染色時間至30分鐘-1小時。
如果觀察到條帶彌散或者分離不理想，建議使用浸泡染色法染色以確認是否與染料有關。如果浸泡染色法染色后仍然出現(xiàn)類似的問題，說明與染料無關，請嘗試以下方法：使用新鮮配制的電泳緩沖液、降低核酸的上樣量、降低染料的濃度、降低瓊脂糖濃度、選用更長的凝膠、降低電泳電壓一倍以上并延長凝膠電泳時間以改善電泳效果、使用更薄的梳齒等。
本產(chǎn)品兼容常用的電泳緩沖液，例如TAE和TBE。
NA-Red不屬于有毒有害物質(zhì)，并通過了環(huán)境安全相關測試，相關廢棄物無需特殊處理，可以參考常規(guī)化學試劑進行處理。
本產(chǎn)品僅限于專業(yè)人員的科學研究用，不得用于臨床診斷或治療，不得用于食品或藥品，不得存放于普通住宅內(nèi)。 
為了您的安全和健康，請穿實驗服并戴一次性手套操作。
 

使用說明：
NA-Red和EB(溴化乙錠)一樣可以根據(jù)使用者的偏好或?qū)嶒災康牟捎靡韵路椒ㄖ械囊环N： 
1. 瓊脂糖凝膠中添加NA-Red。 
根據(jù)需要配制適當濃度(例如1-3%)的瓊脂糖膠液。在瓊脂糖完全融解后，適當冷卻但又不會使瓊脂糖凝固時，按照每100毫升膠液加入50微升NA-Red的比例(2000:1)加入NA-Red?；靹蚝蠹纯砂循傊悄z液倒入制備凝膠的模具中。適量的DNA或RNA在該膠中電泳后，在紫外燈下可以觀察到明亮的核酸條帶。
說明：NA-Red非常穩(wěn)定，所以NA-Red可以像EB一樣在瓊脂糖凝膠液加熱融解后但未凝固前加入并混勻，也可以在瓊脂糖融解前加入，然后再微波爐加熱融解并混勻。
2. 電泳完畢后對瓊脂糖凝膠染色。
按照每100毫升100mM NaCl溶液或水中加入100-200微升NA-Red的比例(500-1000:1)加入NA-Red，配制成NA-Red染色液。把電泳完畢的瓊脂糖凝膠放到適當?shù)娜萜髦?，加入適量上述配制好的NA-Red染色液，確保至少蓋住凝膠。在搖床上緩慢搖動(約30-50rpm)染色20-30分鐘。染色時間根據(jù)膠的厚度而定，膠厚則染色時間需要長一些，膠薄則染色時間可以短一些。染色完畢后，在紫外燈下即可觀察核酸條帶。要觀察到更為清晰的條帶，可以在染色后用水漂洗1-2次，每次3-5分鐘，以消除背景，然后在適當紫外燈下或用凝膠成像系統(tǒng)觀察。NA-Red染色液可以重復使用3次左右。NA-Red染色液也可以一次大量制備，在室溫下避光保存，直至用完。對于核酸需要回收的情況，操作過程中需要注意避免核酸酶污染。

附錄：如何快速鑒別EB(溴化乙錠)和NA-Red
由于EB和NA-Red溶液顏色相似，在核酸染色后又采用相同的檢測系統(tǒng)進行檢測，所以除了使用液相色譜-質(zhì)譜(LC-MS)技術(shù)鑒定分子量外，特別需要有一個快速區(qū)別EB和NA-Red的簡單方法。我們研究發(fā)現(xiàn)通過固定發(fā)射波長(Emission wavelength)、掃描激發(fā)波長(Excitation wavelength)的方式，可以快速鑒別EB和NA-Red。如圖2，固定發(fā)射波長為600nm，240-360nm掃描激發(fā)波長。可以發(fā)現(xiàn)在沒有核酸的情況下，不同濃度的EB本身可以在300nm處有激發(fā)最高峰，整體掃描圖譜非常清晰(圖A)，與在有核酸(如質(zhì)粒)的情況下也基本一致(圖B)；而NA-Red在沒有核酸的情況下，本身很難被激發(fā)，即熒光背景非常弱，雖然在250-300nm有一定的激發(fā)峰，但不是很明顯(圖A)，與在有核酸(如質(zhì)粒)的情況下形成鮮明的對比(圖B)。最為明顯的是，在沒有核酸的情況下，EB本身的熒光強度大大高于NA-Red。這樣就可以通過簡單的熒光檢測來區(qū)分EB和NA-Red了。

圖2. 對于EB、NA-Red及各自與質(zhì)粒的混合物，固定發(fā)射波長為600nm，在240-360nm范圍內(nèi)進行激發(fā)波長掃描。