細菌RNAout

產品及特點本產品是在動物 RNAout 基礎上根據細菌提取的具體情況改良而得。它基于異硫氰酸胍/酚/氯仿提取RNA原理，可用于包括 E.coli、Campylobacterfetus、Pseudomonas aeruginosa、Rhodobacter sphaeroides 等各種常見的革氏陰性細菌。如果需要提革氏陽性細菌（如 Bacillus subtilis、Staphylococcusaureus 等）的 RNA，可以選擇真菌 RNAout。本產品特點如下：

1. 操作簡單快速，只要十分鐘左右,可以全在室溫下進行。

2. 所得 RNA 質量高,OD260/OD280 一般在 1.9，不含基因 DNA 污染。

3. 靈敏度高，可以從一個菌落中提取到普通電泳能夠檢測到的總 RNA。

4. 性價比高于進口同類產品。

細菌RNAout
規(guī)格及成分 成分 編號 100 次包裝 250 次包裝 
細菌 RNAout 51102 100 mL 250 mL
使用手冊 1 份

細菌RNAout運輸及保存 常溫運輸，4℃保存，有效期一年。

自備試劑 氯仿，異丙醇，75%乙醇，RNA 溶解液

使用方法 1. 在 1.5 mL 塑料離心管中離心收集 0.2-1.5 mL 新鮮細菌(注意:由于細菌RNA 半衰期十分短，所以，必須使用最新鮮細菌)，吸盡液體培養(yǎng)基，加 入1 mL 細菌 RNAOUT 并用槍充分吹打，確保細菌全部裂解，沒有塊狀 物。如果使用菌落，則用接種環(huán)小心將其轉移到裝有 1 mL 細菌 RNAOUT 的1.5 m 塑料離心管中，用移液槍吹打均勻。在細菌數較少時，建議使 基因的助沉劑 RNADOWN 以提高 RNA 回收率。

2. 加入 0.2 mL 氯仿，在振蕩器上充分振蕩混均 30 秒（必須將管底的液體振蕩起來，否則不能有效將 DNA 打斷和去除蛋白質）。

3. 12000-15000 g 室溫離心 3 分鐘。上清液無色，下層液呈籃色，中間為 蛋白質。小心將上清液轉移到另一干凈 1.5 m 塑料離心管中，上清液體 積約為 0.6 mL。為避免觸及中間層的 DNA 和蛋白質，建議分小量多次 吸取，并且只取 0.5 mL，留 0.1 mL 左右。當細菌數量較少時，中間層 十分松散，上清時很容易吸到下層有機相，需要更加小心。

4. 在上清液中加入等體積的異丙醇，振蕩器上振蕩混均 30 秒。

5. 12000-15000 室溫離心 3-10 分鐘，RNA 將在管底側面形成沉淀。

6. 小心吸棄上清液，注意不要吸棄 RNA 沉淀。

7. 在離心管中加入 1mL 75%乙醇，振蕩器上振蕩混均 30 秒。

8. 12000-15000 g 室溫離心 1 分鐘。

9. 小心吸棄上清液，注意不要吸棄 RNA 沉淀。

10. 重復第 8 到第 10 步一次。

11. 短暫快速離心，用移液槍小心吸棄殘留液（約 50 uL）。

12. 短暫放 1-2 分鐘后加入適量 RNA 溶解液使 RNA 沉淀溶解，可以立即使用或存放于-80℃長期保存。

13. RNA 完整性的電泳檢測：

如果需要做 Northern 雜交，強烈建議用戶使用甲醛變性膠進行 RNA電泳，因為非變性膠不能分離所有的 RNA 分子（BioTechniques，28：414 ， 2000 ）。 如果是簡單檢測，可以使用 TAE 或基因的SuperBuffer-2 DNA/RNA 兩用快速電泳液，但文獻報道必須使用變性上樣液（BioTechniques，9：558，1990）。普通 DNA 上樣液不含變 性劑，也沒經過去 RNase 處理，所以不要使用。 尤其需要注意的是不要使用 TBE 進行 RNA 電泳，因為 TBE 所含硼酸是研究多糖的經典方法----硼酸絡合法中的關鍵成分，硼酸通過與 RNA 核糖中的羥基發(fā)生絡合反應，形成 RNA 分子內或 RNA 分子間的絡合復 合物，使同樣長度的 RNA 具有不同的泳動速度，電泳條帶彌散，同時有大的 RNA 絡合復合物遲留在加樣孔中（一般會誤以為是基因組 DNA 污染）。RNA 分子內或 RNA 分子間的絡合物的形成的多少和比例又與硼酸與 RNA 的數量比例有關，而 RNA 樣品中污染的其他多糖（如植物中提取的 RNA）也會參與此反應，使硼酸對RNA 電泳的影響更復雜，所以 TBE 對 RNA 電泳的影響沒有規(guī)律性和重復性。有的樣品可以使用有的又不行，是避免使用。由于細菌細胞中 70-80%的 RNA 為 rRNA，后者又由 23S (約 3700nt)，16S (約 1700 nt)和 5S (約 100 nt)三種組成，所以變性膠電泳后應該 在 UV 下看見三條清晰的 rRNA 帶。由于核酸長度與結合 EB 的數量成正比（當然還與 RNA 的二級結構有關，雙鏈部分結合能力比單鏈部分強），所以 23S rRNA 條帶的熒光強度一般比 16S rRNA 條帶的熒光強度強 2倍。如果這兩條 rRNA 帶不清晰或比例小于此范圍則表示 RNA 有降解（因為大的 RNA 被酶降解的可能更大）。

14. RNA 產量產率測定：

將 5-10 μL RNA 溶于 TE 緩沖液中(pH7.5-8.2 之間)檢測其在OD260 的光吸收。通過光吸收可以得出 RNA 濃度（1 OD260 的RNA=40 μg/mL），進而計算出 RNA 的產量和產率。注意不要將 RNA 稀釋在 DEPC 水中檢測 OD260 和 OD280，否則光吸收比在 TE 中測得的低 10%-15%，因為核酸光吸收跟溶液 pH 相關，而 DEPC 水中的DEPC 高壓分解后產生的 CO2 與水反應生成碳酸，使溶液 pH 降低進而降低 RNA 的光吸收。

15. RNA 純度測定：
無污染的總 RNA 的 OD260/OD280 一般在 1.8-2.1 之間(具體數值與其堿基組成和溶液成分等多種因素有關)， OD260/OD230 一般在2.0-2.3 之間，如果低于或高于此范圍則分別表示樣品可能有蛋白質或多糖的污染，但一般不影響 RT-PCR 等反應。蛋白質污染可以通過酚/氯仿抽提一次然后酒精沉淀去除，DNA 和多糖污染可以分別用基因的 DNAErasol 和 PS Erasol 去除。