芐索氯銨是一種新型的季銨鹽類(lèi)抗菌劑，在日用化學(xué)品和化妝品行業(yè)有廣泛的應(yīng)用。此外，作為殺菌抗菌劑在醫(yī)藥衛(wèi)生領(lǐng)域也有重要的應(yīng)用，比如作為滴眼液的抑菌組分或者作為注射液的抑菌成分在西方國(guó)家一直有廣泛的應(yīng)用。在肝素鈉產(chǎn)品的生產(chǎn)中，芐索氯銨是必不可少的關(guān)鍵中間體。

可用作陽(yáng)離子表面活性劑，用于洗衣粉檢測(cè)中陽(yáng)離子，用于滴定磺酸陰離子，一般用量為4克/星期。低用量即能有效地殺滅各種微生物；具有殺菌和祛臭的作用，結(jié)晶體極易溶于水和其它溶劑，能配制粉狀或液狀的家庭或工業(yè)殺菌劑消毒劑。還能作為防腐劑或抗菌劑用于局部施用的獸醫(yī)和專(zhuān)賣(mài)藥品，按照使用指南應(yīng)用，對(duì)環(huán)境表面沒(méi)有腐蝕性。