核苷亞磷酰胺可來源于天然或合成核苷并用于合成寡核苷酸。亞磷酰胺是一種對親核試劑具有高反應性(弱酸可催化)的亞磷酸二酯單酰胺。
DMTr基團的導入是通過氨基保護的核苷與4,4'-二甲氧基三苯基甲基氯化物(DMTr-Cl)在堿性條件下反應。二級的2'位和3'位的羥基有區(qū)別,僅可以保護5'位羥基。DMTr基團的脫保護是通過用2~3%二氯乙酸或三氯乙酸在二氯甲烷溶液中處理幾分鐘來完成。
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