磷酸吡哆醛在所有轉(zhuǎn)氨基作用反應(yīng)以及一些氨基酸的脫羧與脫氨反應(yīng)中充當(dāng)輔酶的角色。磷酸吡哆醛的醛基與氨基轉(zhuǎn)移酶中特定賴氨酸基團(tuán)的ε-氨基之間形成希夫堿鍵（內(nèi)部醛亞胺）。氨基酸底物中的α-氨基置換活性位點(diǎn)賴氨酸殘基的ε-氨基。生成的外部醛亞胺變得去質(zhì)子化而形成一個(gè)醌型中間體，后者轉(zhuǎn)而在不同的位置上接受一個(gè)質(zhì)子以形成一個(gè)酮亞胺。酮亞胺水解，使復(fù)合酶的氨基得到再生。除此之外，磷酸吡哆醛也是某些以不常見的糖（如過氧糖胺、脫氧糖胺）作為底物的轉(zhuǎn)氨酶所需的輔因子。在這些反應(yīng)中，磷酸吡哆醛與谷氨酸起反應(yīng)，谷氨酸的α-氨基轉(zhuǎn)移到磷酸吡哆醛上，生成磷酸吡哆胺（PMP）。磷酸吡哆胺接著轉(zhuǎn)移它的氮到糖上，形成一個(gè)氨基糖。

磷酸吡哆醛參與的生化過程還有：

β-消除反應(yīng)，如絲氨酸脫水酶與GDP-4-酮-6-脫氧甘露糖-3-脫水酶（ColD）參與完成的反應(yīng)[3]

血紅素合成中的縮合反應(yīng)

多巴 → 多巴胺

興奮性遞質(zhì)谷氨酸 → 抑制性遞質(zhì)γ-氨基丁酸

S-腺苷甲硫氨酸 (脫羧) → 丙胺（多胺的合成前體之一）

組氨酸 (脫羧) → 組胺

磷酸吡哆醛不參與賴氨酸分解代謝中的轉(zhuǎn)氨反應(yīng)。

見的糖（如過氧糖胺、脫氧糖胺）作為底物的轉(zhuǎn)氨酶所需的輔因子。在這些反應(yīng)中，磷酸吡哆醛與谷氨酸起反應(yīng)，谷氨酸的α-氨基轉(zhuǎn)移到磷酸吡哆醛上，生成磷酸吡哆胺（PMP）。磷酸吡哆胺接著轉(zhuǎn)移它的氮到糖上，形成一個(gè)氨基糖。

磷酸吡哆醛是維生素B6的輔酶形式。在催化反應(yīng)中，磷酸吡哆醛分子內(nèi)醛基與α-氨基酸的氨基結(jié)合，先形成醛亞胺，又稱西佛堿(Schiffbase)，再根據(jù)不同酶蛋白的特性使氨基酸發(fā)生轉(zhuǎn)氨、脫羧或消旋等作用。作氨基酸轉(zhuǎn)氨酶、脫羧酶和消旋酶的輔酶，對氨基酸代謝起極重要的作用。

磷酸吡哆醛是吡哆醛中的一類重要物質(zhì)，不僅是氨基酸代謝中的轉(zhuǎn)氨酶及脫羧酶的輔酶，還能促進(jìn)谷氨酸脫羧，增進(jìn)γ-氨基丁酸生成。磷酸吡哆醛在合成β-羰基酰胺類藥物、生物活性研究等領(lǐng)域也大量應(yīng)用，如在臨床上主要用于治療帕金森綜合癥，促進(jìn)轉(zhuǎn)氨酶進(jìn)行轉(zhuǎn)氨作用提高體內(nèi)多巴胺的含量等。